Китана

Китана избегает ярости императора и сбегает на Землю. Она так же выживает в схватке с Рептилией и объединяется со своей давней знакомой — Джейд. Вместе они находят Синдел, которая в итоге встает против Шао Кана. После уничтожения императора оба мира возвращаются в исходное состояние. Китана становится новой правительницей Эдении, и навсегда останется в долгу у земных воинов.

Рептилия

Рептилии было поручено найти и убить Китану. Он справляется с этой задачей, но Шао Кан даже не намерен выполнять обещания и возвращать вымершую расу, Рептилия в гневе убивает своего хозяина, но так же лишается единственно шанса возродить свою расу.

Джейд

Джейд все же решает помочь своей давней напарнице Китане и срывает покушение на нее. Она помогает ей достичь Синдел и обратить ее против императора. В итоге она остается один на один с самим Шао Каном, в итоге побеждая его. Оба мира приходят в норму, а Джейд становится героем Mortal Kombat.

Скорпион

Скорпион, будучи заточённым в Аду, узнает, что император вновь намерен захватить Землю. Он пользуется ослаблением оков и сбегает. Шао Кан нанимает Скорпиона, дабы тот уничтожил некоторых земных воинов, но одним их избранных становится Саб Зиро. Скорпион поклялся защищать его, чтобы искупить грех за убийство его брата. Шао Кан понимает, кто стал его противником. После уничтожения угрозы, Земля возвращается к нормальному состоянию, а Скорпион снова оказывается в пучине Ада, чтобы однажды вырваться от туда.

Милина

Победа в третьем турнире позволяет Милине претендовать на роль королевы Внешнего мира.
При помощи Бараки она захватывает в заложники Синдел и дочь королевы Китану. Вместе с ним они угрожают Шао Кану, заставляя его заманить воинов Земли на четвертую Смертельную Битву, в которой Бараке сможет получить титул Настоящего чемпиона Смертельной Битвы.

Эрмак

Оставаясь в тени еще с времен первой Смертельной Битвы, скрытный ниндзя остается вне внимания Земли или Внешнего мира. Эрмак использует победу в турнире, как доказательство своего существования... но и как предупреждение, что он вернется в четвертом турнире, где его будет не остановить.

Классический Саб-Зиро

Погибший в первом турнире, Саб-Зиро каким-то образом появляется вновь и побеждает в третьей Смертельной Битве. Но когда он снял свою маску, и воины Земли, и воины Внешнего мира были шокированы тем, кем оказался этот боец. Боец, который давно считался пропавшим, и который вернется в четвертом турнире.

Человек Смоук

Победа в турнире позволяет Смоуку вновь обрести человеческое тело. Он посвящает свою жизнь изучению боевых стилей других ниндзя: Скорпиона, Саб-Зиро и Рептилии. Вновь исчезая без предупреждения, он отправляется в затерянный лес, где продолжает тренировки. Он останется там до тех пор, пока в совершенстве не изучит способности остальных ниндзя, чтобы принять участие в Mortal Kombat 4.

Рейн (концовка доступна только в версии игры для Genesis/MegaDrive)

Рейн отважно сражается за императора Шао Кана. Но его приемная дочь Китана настраивает Рейна против императора. Как и Катана прошлое Рейна связано с миро Эдении. Он узнает, что его отец некогда был генералом армии Эдении и погиб от рук Шао Кана. В ярости о присоединяется к Китане и остальным воинам Земли. Но его преданность остается под сомнением, когда он загадочно исчезает при нападении карательного отряда. Чтобы доказать, что ему можно доверять, он отправляется на самоубийственную миссию - уничтожить Шао Кана и покончить с его правлением раз и навсегда.

Нуб Саибот

Поначалу лишь наблюдая, Нуб Саибот вскоре получает приказ встать на сторону злого императора Шао Кана. Хозяева Нуб Саибота в Нижнем мире хотят, чтобы он заполучил доверии императора и помог получить доступ в Земное царство. Но когда Шао Кан ослабляет внимание, поступает приказ атаковать императора. Когда Земля и император Внешнего мира повержены, падший бог Шиннок может забрать оба мира и получить силы, которые необходимы, что отомстить Верховным Богам, заточившим его в Нижнем мире.